{ "_id": "6a1f0986b401979e7341c3ac", "Package": "fsthet", "Version": "1.0.1", "Title": "Fst-Heterozygosity Smoothed Quantiles", "Description": "A program to generate smoothed quantiles for the\nFst-heterozygosity distribution. Designed for use with large\nnumbers of loci (e.g., genome-wide SNPs). The best case for\nanalyzing the Fst-heterozygosity distribution is when many\npopulations (>10) have been sampled. See Flanagan & Jones\n(2017) .", "Author": "Sarah P. Flanagan and Adam G. Jones", "Maintainer": "Sarah P. Flanagan ", "License": "GPL-2", "VignetteBuilder": "knitr", "NeedsCompilation": "no", "Packaged": { "Date": "2026-05-18 06:04:18 UTC", "User": "root" }, "Repository": "https://spflanagan.r-universe.dev", "Date/Publication": "2018-03-20 17:27:53 UTC", "RemoteUrl": "https://github.com/cran/fsthet", "RemoteRef": "HEAD", "RemoteSha": "de47813bfe7b7f218e56fd7e8ff798f266414959", "MD5sum": "4cb7fb71c4f5c5fbb4e0d930a80e925c", "_user": "spflanagan", "_type": "src", "_file": "fsthet_1.0.1.tar.gz", "_fileid": "6ebcf76327a526c51af2e90fd44bb9736c99fe98c9184b481d7d7215b91c3634", "_filesize": 1639868, "_sha256": "6ebcf76327a526c51af2e90fd44bb9736c99fe98c9184b481d7d7215b91c3634", "_created": "2026-05-18T06:04:18.000Z", "_published": "2026-06-02T16:49:10.107Z", "_distro": "noble", "_jobs": [ { "job": 79124547291, "time": 121, "config": "linux-devel-x86_64", "r": "4.7.0", "check": "WARNING", "artifact": "7050604417" }, { "job": 79124548016, "time": 116, "config": "linux-release-x86_64", "r": "4.6.0", "check": "WARNING", "artifact": "7050603134" }, { "job": 79124547100, "time": 181, "config": "macos-oldrel-arm64", "r": "4.5.3", "check": "WARNING", "artifact": "7050610514" }, { "job": 79124547095, "time": 186, "config": "macos-release-arm64", "r": "4.6.0", "check": "WARNING", "artifact": "7050608918" }, { "job": 79124546825, "time": 199, "config": "source", "r": "4.6.0", "check": "OK", "artifact": "7050578165" }, { "job": 79124546785, "time": 114, "config": "wasm-release", "r": "4.6.0", "check": "OK", "artifact": "7364228734" }, { "job": 79124547151, "time": 93, "config": "windows-devel", "r": "4.7.0", "check": "WARNING", "artifact": "7050598336" }, { "job": 79124547688, "time": 85, "config": "windows-oldrel", "r": "4.5.3", "check": "WARNING", "artifact": "7050596633" }, { "job": 79124547445, "time": 75, "config": "windows-release", "r": "4.6.0", "check": "WARNING", "artifact": "7050594552" } ], "_buildurl": "https://github.com/r-universe/spflanagan/actions/runs/26016347773", "_status": "success", "_host": "GitHub-Actions", "_upstream": "https://github.com/cran/fsthet", "_commit": { "id": "de47813bfe7b7f218e56fd7e8ff798f266414959", "author": "Sarah P. Flanagan ", "committer": "cran-robot ", "message": "version 1.0.1\n", "time": 1521566873 }, "_maintainer": { "name": "Sarah P. Flanagan", "email": "spflanagan.phd@gmail.com", "login": "spflanagan", "description": "For my lab website see: https://flanagan-lab.github.io/", "uuid": 6642541 }, "_registered": true, "_dependencies": [ { "package": "R", "version": ">= 2.10", "role": "Depends" }, { "package": "knitr", "role": "Suggests" }, { "package": "rmarkdown", "role": "Suggests" } ], "_owner": "cran", "_selfowned": true, "_usedby": 0, "_updates": [], "_tags": [], "_stars": 0, "_contributors": [ { "user": "spflanagan", "count": 2, "uuid": 6642541 } ], "_userbio": { "uuid": 6642541, "type": "user", "name": "Sarah P. Flanagan", "description": "For my lab website see: https://flanagan-lab.github.io/" }, "_downloads": { "count": 206, "source": "https://cranlogs.r-pkg.org/downloads/total/last-month/fsthet" }, "_searchresults": 30, "_rbuild": "4.6.0", "_assets": [ "extra/citation.cff", "extra/citation.html", "extra/citation.json", "extra/citation.txt", "extra/contents.json", "extra/fsthet.html", "manual.pdf" ], "_realowner": "spflanagan", "_cranurl": false, "_releases": [ { "version": "1.0.0", "date": "2017-11-02" }, { "version": "1.0.1", "date": "2018-03-20" } ], "_exports": [ "allele.counts", "calc.actual.fst", "calc.allele.freq", "calc.betahat", "calc.exp.het", "calc.fst", "calc.theta", "ci.means", "fhetboot", "find.outliers", "find.quantiles", "fst.boot", "fst.boot.means", "fst.boot.onecol", "fst.options.print", "fsthet", "make.bins", "my.read.genepop", "p.boot", "plotting.cis", "remove.spaces", "var.fst" ], "_datasets": [ { "name": "bins", "title": "Example heterozygosity bins from fsthet.", "object": "bins", "file": "bins.rda", "class": [ "list" ], "fields": [], "table": false, "tojson": true }, { "name": "cis", "title": "Example dataframe of smoothed quantiles from fsthet", "object": "cis", "file": "cis.list.rda", "class": [ "list" ], "fields": [], "table": true, "tojson": true }, { "name": "cis.list", "title": "Example list of CI matrices from bootstrap output from numerical simulations", "object": "cis.list", "file": "cis.list.rda", "class": [ "list" ], "fields": [], "table": true, "tojson": true }, { "name": "fsts", "title": "Example fst calculations from a genepop file.", "object": "fsts", "file": "fsts.beta.rda", "class": [ "data.frame" ], "fields": [ "Locus", "Ht", "Fst" ], "rows": 2000, "table": true, "tojson": true }, { "name": "fsts.beta", "title": "Example fst calculations from a genepop file.", "object": "fsts.beta", "file": "fsts.beta.rda", "class": [ "data.frame" ], "fields": [ "Locus", "Ht", "Fst" ], "rows": 2000, "table": true, "tojson": true }, { "name": "fsts.betahat", "title": "Example fst calculations from a genepop file.", "object": "fsts.betahat", "file": "fsts.betahat.rda", "class": [ "data.frame" ], "fields": [ "Locus", "Ht", "Fst" ], "rows": 2000, "table": true, "tojson": true }, { "name": "fsts.theta", "title": "Example fst calculations from a genepop file.", "object": "fsts.theta", "file": "fsts.theta.rda", "class": [ "data.frame" ], "fields": [ "Locus", "Ht", "Fst" ], "rows": 2000, "table": true, "tojson": true }, { "name": "gpop", "title": "Example genepop file from numerical simulations", "object": "gpop", "file": "gpop.rda", "class": [ "data.frame" ], "fields": [ "popinfo", "ind.names", "loc0", "loc1", "loc2", "loc3", "loc4", "loc5", "loc6", "loc7", "loc8", "loc9", "loc10", "loc11", "loc12", "loc13", "loc14", "loc15", "loc16", "loc17", "loc18", "loc19", "loc20", "loc21", "loc22", "loc23", "loc24", "loc25", "loc26", "loc27", "loc28", "loc29", "loc30", "loc31", "loc32", "loc33", "loc34", "loc35", "loc36", "loc37", "loc38", "loc39", "loc40", "loc41", "loc42", "loc43", "loc44", "loc45", "loc46", "loc47", "loc48", "loc49", "loc50", "loc51", "loc52", "loc53", "loc54", "loc55", "loc56", "loc57", "loc58", "loc59", "loc60", "loc61", "loc62", "loc63", "loc64", "loc65", "loc66", "loc67", "loc68", "loc69", "loc70", "loc71", "loc72", "loc73", "loc74", "loc75", "loc76", "loc77", "loc78", "loc79", "loc80", "loc81", "loc82", "loc83", "loc84", "loc85", "loc86", "loc87", "loc88", "loc89", "loc90", "loc91", "loc92", "loc93", "loc94", "loc95", "loc96", "loc97", "loc98", "loc99", "loc100", "loc101", "loc102", "loc103", "loc104", "loc105", "loc106", "loc107", "loc108", "loc109", "loc110", "loc111", "loc112", "loc113", "loc114", "loc115", "loc116", "loc117", "loc118", "loc119", "loc120", "loc121", "loc122", "loc123", "loc124", "loc125", "loc126", "loc127", "loc128", "loc129", "loc130", "loc131", "loc132", "loc133", "loc134", "loc135", "loc136", "loc137", "loc138", "loc139", "loc140", "loc141", "loc142", "loc143", "loc144", "loc145", "loc146", "loc147", "loc148", "loc149", "loc150", "loc151", "loc152", "loc153", "loc154", "loc155", "loc156", "loc157", "loc158", "loc159", "loc160", "loc161", "loc162", "loc163", "loc164", "loc165", "loc166", "loc167", "loc168", "loc169", "loc170", "loc171", "loc172", "loc173", "loc174", "loc175", "loc176", "loc177", "loc178", "loc179", "loc180", "loc181", "loc182", "loc183", "loc184", "loc185", "loc186", "loc187", "loc188", "loc189", "loc190", "loc191", "loc192", "loc193", "loc194", "loc195", "loc196", "loc197", "loc198", "loc199", "loc200", "loc201", "loc202", "loc203", "loc204", "loc205", "loc206", "loc207", "loc208", "loc209", "loc210", "loc211", "loc212", "loc213", "loc214", "loc215", "loc216", "loc217", "loc218", "loc219", "loc220", "loc221", "loc222", "loc223", "loc224", "loc225", "loc226", "loc227", "loc228", "loc229", "loc230", "loc231", "loc232", "loc233", "loc234", "loc235", "loc236", "loc237", "loc238", "loc239", "loc240", "loc241", "loc242", "loc243", "loc244", "loc245", "loc246", "loc247", "loc248", "loc249", "loc250", "loc251", "loc252", "loc253", "loc254", "loc255", "loc256", "loc257", "loc258", "loc259", "loc260", "loc261", "loc262", "loc263", "loc264", "loc265", "loc266", "loc267", "loc268", "loc269", "loc270", "loc271", "loc272", "loc273", "loc274", "loc275", "loc276", "loc277", "loc278", "loc279", "loc280", "loc281", "loc282", "loc283", "loc284", "loc285", "loc286", "loc287", "loc288", "loc289", "loc290", "loc291", "loc292", "loc293", "loc294", "loc295", "loc296", "loc297", "loc298", "loc299", "loc300", "loc301", "loc302", "loc303", "loc304", "loc305", "loc306", "loc307", "loc308", "loc309", "loc310", "loc311", "loc312", "loc313", "loc314", "loc315", "loc316", "loc317", "loc318", "loc319", "loc320", "loc321", "loc322", "loc323", "loc324", "loc325", "loc326", "loc327", "loc328", "loc329", "loc330", "loc331", "loc332", "loc333", "loc334", "loc335", "loc336", "loc337", "loc338", "loc339", "loc340", "loc341", "loc342", "loc343", "loc344", "loc345", "loc346", "loc347", "loc348", "loc349", "loc350", "loc351", "loc352", "loc353", "loc354", "loc355", "loc356", "loc357", "loc358", "loc359", "loc360", "loc361", "loc362", "loc363", "loc364", "loc365", "loc366", "loc367", "loc368", "loc369", "loc370", "loc371", "loc372", "loc373", "loc374", "loc375", "loc376", "loc377", "loc378", "loc379", "loc380", "loc381", "loc382", "loc383", "loc384", "loc385", "loc386", "loc387", "loc388", "loc389", "loc390", "loc391", "loc392", "loc393", "loc394", "loc395", "loc396", "loc397", "loc398", "loc399", "loc400", "loc401", "loc402", "loc403", "loc404", "loc405", "loc406", "loc407", "loc408", "loc409", "loc410", "loc411", "loc412", "loc413", "loc414", "loc415", "loc416", "loc417", "loc418", "loc419", "loc420", "loc421", "loc422", "loc423", "loc424", "loc425", "loc426", "loc427", "loc428", "loc429", "loc430", "loc431", "loc432", "loc433", "loc434", "loc435", "loc436", "loc437", "loc438", "loc439", "loc440", "loc441", "loc442", "loc443", "loc444", "loc445", "loc446", "loc447", "loc448", "loc449", "loc450", "loc451", "loc452", "loc453", "loc454", "loc455", "loc456", "loc457", "loc458", "loc459", "loc460", "loc461", "loc462", "loc463", "loc464", "loc465", "loc466", "loc467", "loc468", "loc469", "loc470", "loc471", "loc472", "loc473", "loc474", "loc475", "loc476", "loc477", "loc478", "loc479", "loc480", "loc481", "loc482", "loc483", "loc484", "loc485", "loc486", "loc487", "loc488", "loc489", "loc490", "loc491", "loc492", "loc493", "loc494", "loc495", "loc496", "loc497", "loc498", "loc499", "loc500", "loc501", "loc502", "loc503", "loc504", "loc505", "loc506", "loc507", "loc508", "loc509", "loc510", "loc511", "loc512", "loc513", "loc514", "loc515", "loc516", "loc517", "loc518", "loc519", "loc520", "loc521", "loc522", "loc523", "loc524", "loc525", "loc526", "loc527", "loc528", "loc529", "loc530", "loc531", "loc532", "loc533", "loc534", "loc535", "loc536", "loc537", "loc538", "loc539", "loc540", "loc541", "loc542", "loc543", "loc544", "loc545", "loc546", "loc547", "loc548", "loc549", "loc550", "loc551", "loc552", "loc553", "loc554", "loc555", "loc556", "loc557", "loc558", "loc559", "loc560", "loc561", "loc562", "loc563", "loc564", "loc565", "loc566", "loc567", "loc568", "loc569", "loc570", "loc571", "loc572", "loc573", "loc574", "loc575", "loc576", "loc577", "loc578", "loc579", "loc580", "loc581", "loc582", "loc583", "loc584", "loc585", "loc586", "loc587", "loc588", "loc589", "loc590", "loc591", "loc592", "loc593", "loc594", "loc595", "loc596", "loc597", "loc598", "loc599", "loc600", "loc601", "loc602", "loc603", "loc604", "loc605", "loc606", "loc607", "loc608", "loc609", "loc610", "loc611", "loc612", "loc613", "loc614", "loc615", "loc616", "loc617", "loc618", "loc619", "loc620", "loc621", "loc622", "loc623", "loc624", "loc625", "loc626", "loc627", "loc628", "loc629", "loc630", "loc631", "loc632", "loc633", "loc634", "loc635", "loc636", "loc637", "loc638", "loc639", "loc640", "loc641", "loc642", "loc643", "loc644", "loc645", "loc646", "loc647", "loc648", "loc649", "loc650", "loc651", "loc652", "loc653", "loc654", "loc655", "loc656", "loc657", "loc658", "loc659", "loc660", "loc661", "loc662", "loc663", "loc664", "loc665", "loc666", "loc667", "loc668", "loc669", "loc670", "loc671", "loc672", "loc673", "loc674", "loc675", "loc676", "loc677", "loc678", "loc679", "loc680", "loc681", "loc682", "loc683", "loc684", "loc685", "loc686", "loc687", "loc688", "loc689", "loc690", "loc691", "loc692", "loc693", "loc694", "loc695", "loc696", "loc697", "loc698", "loc699", "loc700", "loc701", "loc702", "loc703", "loc704", "loc705", "loc706", "loc707", "loc708", "loc709", "loc710", "loc711", "loc712", "loc713", "loc714", "loc715", "loc716", "loc717", "loc718", "loc719", "loc720", "loc721", "loc722", "loc723", "loc724", "loc725", "loc726", "loc727", "loc728", "loc729", "loc730", "loc731", "loc732", "loc733", "loc734", "loc735", "loc736", "loc737", "loc738", "loc739", "loc740", "loc741", "loc742", "loc743", "loc744", "loc745", "loc746", "loc747", "loc748", "loc749", "loc750", "loc751", "loc752", "loc753", "loc754", "loc755", "loc756", "loc757", "loc758", "loc759", "loc760", "loc761", "loc762", "loc763", "loc764", "loc765", "loc766", "loc767", "loc768", "loc769", "loc770", "loc771", "loc772", "loc773", "loc774", "loc775", "loc776", "loc777", "loc778", "loc779", "loc780", "loc781", "loc782", "loc783", "loc784", "loc785", "loc786", "loc787", "loc788", "loc789", "loc790", "loc791", "loc792", "loc793", "loc794", "loc795", "loc796", "loc797", "loc798", "loc799", "loc800", "loc801", "loc802", "loc803", "loc804", "loc805", "loc806", "loc807", "loc808", "loc809", "loc810", "loc811", "loc812", "loc813", "loc814", "loc815", "loc816", "loc817", "loc818", "loc819", "loc820", "loc821", "loc822", "loc823", "loc824", "loc825", "loc826", "loc827", "loc828", "loc829", "loc830", "loc831", "loc832", "loc833", "loc834", "loc835", "loc836", "loc837", "loc838", "loc839", "loc840", "loc841", "loc842", "loc843", "loc844", "loc845", "loc846", "loc847", "loc848", "loc849", "loc850", "loc851", "loc852", "loc853", "loc854", "loc855", "loc856", "loc857", "loc858", "loc859", "loc860", "loc861", "loc862", "loc863", "loc864", "loc865", "loc866", "loc867", "loc868", "loc869", "loc870", "loc871", "loc872", "loc873", "loc874", "loc875", "loc876", "loc877", "loc878", "loc879", "loc880", "loc881", "loc882", "loc883", "loc884", "loc885", "loc886", "loc887", "loc888", "loc889", "loc890", "loc891", "loc892", "loc893", "loc894", "loc895", "loc896", "loc897", "loc898", "loc899", "loc900", "loc901", "loc902", "loc903", "loc904", "loc905", "loc906", "loc907", "loc908", "loc909", "loc910", "loc911", "loc912", "loc913", "loc914", "loc915", "loc916", "loc917", "loc918", "loc919", "loc920", "loc921", "loc922", "loc923", "loc924", "loc925", "loc926", "loc927", "loc928", "loc929", "loc930", "loc931", "loc932", "loc933", "loc934", "loc935", "loc936", "loc937", "loc938", "loc939", "loc940", "loc941", "loc942", "loc943", "loc944", "loc945", "loc946", "loc947", "loc948", "loc949", "loc950", "loc951", "loc952", "loc953", "loc954", "loc955", "loc956", "loc957", "loc958", "loc959", "loc960", "loc961", "loc962", "loc963", "loc964", "loc965", "loc966", "loc967", "loc968", "loc969", "loc970", "loc971", "loc972", "loc973", "loc974", "loc975", "loc976", "loc977", "loc978", "loc979", "loc980", "loc981", "loc982", "loc983", "loc984", "loc985", "loc986", "loc987", "loc988", "loc989", "loc990", "loc991", "loc992", "loc993", "loc994", "loc995", "loc996", "loc997", "loc998", "loc999", "loc1000", "loc1001", "loc1002", "loc1003", "loc1004", "loc1005", "loc1006", "loc1007", "loc1008", "loc1009", "loc1010", "loc1011", "loc1012", "loc1013", "loc1014", "loc1015", "loc1016", "loc1017", "loc1018", "loc1019", "loc1020", "loc1021", "loc1022", "loc1023", "loc1024", "loc1025", "loc1026", "loc1027", "loc1028", "loc1029", "loc1030", "loc1031", "loc1032", "loc1033", "loc1034", "loc1035", "loc1036", "loc1037", "loc1038", "loc1039", "loc1040", "loc1041", "loc1042", "loc1043", "loc1044", "loc1045", "loc1046", "loc1047", "loc1048", "loc1049", "loc1050", "loc1051", "loc1052", "loc1053", "loc1054", "loc1055", "loc1056", "loc1057", "loc1058", "loc1059", "loc1060", "loc1061", "loc1062", "loc1063", "loc1064", "loc1065", "loc1066", "loc1067", "loc1068", "loc1069", "loc1070", "loc1071", "loc1072", "loc1073", "loc1074", "loc1075", "loc1076", "loc1077", "loc1078", "loc1079", "loc1080", "loc1081", "loc1082", "loc1083", "loc1084", "loc1085", "loc1086", "loc1087", "loc1088", "loc1089", "loc1090", "loc1091", "loc1092", "loc1093", "loc1094", "loc1095", "loc1096", "loc1097", "loc1098", "loc1099", "loc1100", "loc1101", "loc1102", "loc1103", "loc1104", "loc1105", "loc1106", "loc1107", "loc1108", "loc1109", "loc1110", "loc1111", "loc1112", "loc1113", "loc1114", "loc1115", "loc1116", "loc1117", "loc1118", "loc1119", "loc1120", "loc1121", "loc1122", "loc1123", "loc1124", "loc1125", "loc1126", "loc1127", "loc1128", "loc1129", "loc1130", "loc1131", "loc1132", "loc1133", "loc1134", "loc1135", "loc1136", "loc1137", "loc1138", "loc1139", "loc1140", "loc1141", "loc1142", "loc1143", "loc1144", "loc1145", "loc1146", "loc1147", "loc1148", "loc1149", "loc1150", "loc1151", "loc1152", "loc1153", "loc1154", "loc1155", "loc1156", "loc1157", "loc1158", "loc1159", "loc1160", "loc1161", "loc1162", "loc1163", "loc1164", "loc1165", "loc1166", "loc1167", "loc1168", "loc1169", "loc1170", "loc1171", "loc1172", "loc1173", "loc1174", "loc1175", "loc1176", "loc1177", "loc1178", "loc1179", "loc1180", "loc1181", "loc1182", "loc1183", "loc1184", "loc1185", "loc1186", "loc1187", "loc1188", "loc1189", "loc1190", "loc1191", "loc1192", "loc1193", "loc1194", "loc1195", "loc1196", "loc1197", "loc1198", "loc1199", "loc1200", "loc1201", "loc1202", "loc1203", "loc1204", "loc1205", "loc1206", "loc1207", "loc1208", "loc1209", "loc1210", "loc1211", "loc1212", "loc1213", "loc1214", "loc1215", "loc1216", "loc1217", "loc1218", "loc1219", "loc1220", "loc1221", "loc1222", "loc1223", "loc1224", "loc1225", "loc1226", "loc1227", "loc1228", "loc1229", "loc1230", "loc1231", "loc1232", "loc1233", "loc1234", "loc1235", "loc1236", "loc1237", "loc1238", "loc1239", "loc1240", "loc1241", "loc1242", "loc1243", "loc1244", "loc1245", "loc1246", "loc1247", "loc1248", "loc1249", "loc1250", "loc1251", "loc1252", "loc1253", "loc1254", "loc1255", "loc1256", "loc1257", "loc1258", "loc1259", "loc1260", "loc1261", "loc1262", "loc1263", "loc1264", "loc1265", "loc1266", "loc1267", "loc1268", "loc1269", "loc1270", "loc1271", "loc1272", "loc1273", "loc1274", "loc1275", "loc1276", "loc1277", "loc1278", "loc1279", "loc1280", "loc1281", "loc1282", "loc1283", "loc1284", "loc1285", "loc1286", "loc1287", "loc1288", "loc1289", "loc1290", "loc1291", "loc1292", "loc1293", "loc1294", "loc1295", "loc1296", "loc1297", "loc1298", "loc1299", "loc1300", "loc1301", "loc1302", "loc1303", "loc1304", "loc1305", "loc1306", "loc1307", "loc1308", "loc1309", "loc1310", "loc1311", "loc1312", "loc1313", "loc1314", "loc1315", "loc1316", "loc1317", "loc1318", "loc1319", "loc1320", "loc1321", "loc1322", "loc1323", "loc1324", "loc1325", "loc1326", "loc1327", "loc1328", "loc1329", "loc1330", "loc1331", "loc1332", "loc1333", "loc1334", "loc1335", "loc1336", "loc1337", "loc1338", "loc1339", "loc1340", "loc1341", "loc1342", "loc1343", "loc1344", "loc1345", "loc1346", "loc1347", "loc1348", "loc1349", "loc1350", "loc1351", "loc1352", "loc1353", "loc1354", "loc1355", "loc1356", "loc1357", "loc1358", "loc1359", "loc1360", "loc1361", "loc1362", "loc1363", "loc1364", "loc1365", "loc1366", "loc1367", "loc1368", "loc1369", "loc1370", "loc1371", "loc1372", "loc1373", "loc1374", "loc1375", "loc1376", "loc1377", "loc1378", "loc1379", "loc1380", "loc1381", "loc1382", "loc1383", "loc1384", "loc1385", "loc1386", "loc1387", "loc1388", "loc1389", "loc1390", "loc1391", "loc1392", "loc1393", "loc1394", "loc1395", "loc1396", "loc1397", "loc1398", "loc1399", "loc1400", "loc1401", "loc1402", "loc1403", "loc1404", "loc1405", "loc1406", "loc1407", "loc1408", "loc1409", "loc1410", "loc1411", "loc1412", "loc1413", "loc1414", "loc1415", "loc1416", "loc1417", "loc1418", "loc1419", "loc1420", "loc1421", "loc1422", "loc1423", "loc1424", "loc1425", "loc1426", "loc1427", "loc1428", "loc1429", "loc1430", "loc1431", "loc1432", "loc1433", "loc1434", "loc1435", "loc1436", "loc1437", "loc1438", "loc1439", "loc1440", "loc1441", "loc1442", "loc1443", "loc1444", "loc1445", "loc1446", "loc1447", "loc1448", "loc1449", "loc1450", "loc1451", "loc1452", "loc1453", "loc1454", "loc1455", "loc1456", "loc1457", "loc1458", "loc1459", "loc1460", "loc1461", "loc1462", "loc1463", "loc1464", "loc1465", "loc1466", "loc1467", "loc1468", "loc1469", "loc1470", "loc1471", "loc1472", "loc1473", "loc1474", "loc1475", "loc1476", "loc1477", "loc1478", "loc1479", "loc1480", "loc1481", "loc1482", "loc1483", "loc1484", "loc1485", "loc1486", "loc1487", "loc1488", "loc1489", "loc1490", "loc1491", "loc1492", "loc1493", "loc1494", "loc1495", "loc1496", "loc1497", "loc1498", "loc1499", "loc1500", "loc1501", "loc1502", "loc1503", "loc1504", "loc1505", "loc1506", "loc1507", "loc1508", "loc1509", "loc1510", "loc1511", "loc1512", "loc1513", "loc1514", "loc1515", "loc1516", "loc1517", "loc1518", "loc1519", "loc1520", "loc1521", "loc1522", "loc1523", "loc1524", "loc1525", "loc1526", "loc1527", "loc1528", "loc1529", "loc1530", "loc1531", "loc1532", "loc1533", "loc1534", "loc1535", "loc1536", "loc1537", "loc1538", "loc1539", "loc1540", "loc1541", "loc1542", "loc1543", "loc1544", "loc1545", "loc1546", "loc1547", "loc1548", "loc1549", "loc1550", "loc1551", "loc1552", "loc1553", "loc1554", "loc1555", "loc1556", "loc1557", "loc1558", "loc1559", "loc1560", "loc1561", "loc1562", "loc1563", "loc1564", "loc1565", "loc1566", "loc1567", "loc1568", "loc1569", "loc1570", "loc1571", "loc1572", "loc1573", "loc1574", "loc1575", "loc1576", "loc1577", "loc1578", "loc1579", "loc1580", "loc1581", "loc1582", "loc1583", "loc1584", "loc1585", "loc1586", "loc1587", "loc1588", "loc1589", "loc1590", "loc1591", "loc1592", "loc1593", "loc1594", "loc1595", "loc1596", "loc1597", "loc1598", "loc1599", "loc1600", "loc1601", "loc1602", "loc1603", "loc1604", "loc1605", "loc1606", "loc1607", "loc1608", "loc1609", "loc1610", "loc1611", "loc1612", "loc1613", "loc1614", "loc1615", "loc1616", "loc1617", "loc1618", "loc1619", "loc1620", "loc1621", "loc1622", "loc1623", "loc1624", "loc1625", "loc1626", "loc1627", "loc1628", "loc1629", "loc1630", "loc1631", "loc1632", "loc1633", "loc1634", "loc1635", "loc1636", "loc1637", "loc1638", "loc1639", "loc1640", "loc1641", "loc1642", "loc1643", "loc1644", "loc1645", "loc1646", "loc1647", "loc1648", "loc1649", "loc1650", "loc1651", "loc1652", "loc1653", "loc1654", "loc1655", "loc1656", "loc1657", "loc1658", "loc1659", "loc1660", "loc1661", "loc1662", "loc1663", "loc1664", "loc1665", "loc1666", "loc1667", "loc1668", "loc1669", "loc1670", "loc1671", "loc1672", "loc1673", "loc1674", "loc1675", "loc1676", "loc1677", "loc1678", "loc1679", "loc1680", "loc1681", "loc1682", "loc1683", "loc1684", "loc1685", "loc1686", "loc1687", "loc1688", "loc1689", "loc1690", "loc1691", "loc1692", "loc1693", "loc1694", "loc1695", "loc1696", "loc1697", "loc1698", "loc1699", "loc1700", "loc1701", "loc1702", "loc1703", "loc1704", "loc1705", "loc1706", "loc1707", "loc1708", "loc1709", "loc1710", "loc1711", "loc1712", "loc1713", "loc1714", "loc1715", "loc1716", "loc1717", "loc1718", "loc1719", "loc1720", "loc1721", "loc1722", "loc1723", "loc1724", "loc1725", "loc1726", "loc1727", "loc1728", "loc1729", "loc1730", "loc1731", "loc1732", "loc1733", "loc1734", "loc1735", "loc1736", "loc1737", "loc1738", "loc1739", "loc1740", "loc1741", "loc1742", "loc1743", "loc1744", "loc1745", "loc1746", "loc1747", "loc1748", "loc1749", "loc1750", "loc1751", "loc1752", "loc1753", "loc1754", "loc1755", "loc1756", "loc1757", "loc1758", "loc1759", "loc1760", "loc1761", "loc1762", "loc1763", "loc1764", "loc1765", "loc1766", "loc1767", "loc1768", "loc1769", "loc1770", "loc1771", "loc1772", "loc1773", "loc1774", "loc1775", "loc1776", "loc1777", "loc1778", "loc1779", "loc1780", "loc1781", "loc1782", "loc1783", "loc1784", "loc1785", "loc1786", "loc1787", "loc1788", "loc1789", "loc1790", "loc1791", "loc1792", "loc1793", "loc1794", "loc1795", "loc1796", "loc1797", "loc1798", "loc1799", "loc1800", "loc1801", "loc1802", "loc1803", "loc1804", "loc1805", "loc1806", "loc1807", "loc1808", "loc1809", "loc1810", "loc1811", "loc1812", "loc1813", "loc1814", "loc1815", "loc1816", "loc1817", "loc1818", "loc1819", "loc1820", "loc1821", "loc1822", "loc1823", "loc1824", "loc1825", "loc1826", "loc1827", "loc1828", "loc1829", "loc1830", "loc1831", "loc1832", "loc1833", "loc1834", "loc1835", "loc1836", "loc1837", "loc1838", "loc1839", "loc1840", "loc1841", "loc1842", "loc1843", "loc1844", "loc1845", "loc1846", "loc1847", "loc1848", "loc1849", "loc1850", "loc1851", "loc1852", "loc1853", "loc1854", "loc1855", "loc1856", "loc1857", "loc1858", "loc1859", "loc1860", "loc1861", "loc1862", "loc1863", "loc1864", "loc1865", "loc1866", "loc1867", "loc1868", "loc1869", "loc1870", "loc1871", "loc1872", "loc1873", "loc1874", "loc1875", "loc1876", "loc1877", "loc1878", "loc1879", "loc1880", "loc1881", "loc1882", "loc1883", "loc1884", "loc1885", "loc1886", "loc1887", "loc1888", "loc1889", "loc1890", "loc1891", "loc1892", "loc1893", "loc1894", "loc1895", "loc1896", "loc1897", "loc1898", "loc1899", "loc1900", "loc1901", "loc1902", "loc1903", "loc1904", "loc1905", "loc1906", "loc1907", "loc1908", "loc1909", "loc1910", "loc1911", "loc1912", "loc1913", "loc1914", "loc1915", "loc1916", "loc1917", "loc1918", "loc1919", "loc1920", "loc1921", "loc1922", "loc1923", "loc1924", "loc1925", "loc1926", "loc1927", "loc1928", "loc1929", "loc1930", "loc1931", "loc1932", "loc1933", "loc1934", "loc1935", "loc1936", "loc1937", "loc1938", "loc1939", "loc1940", "loc1941", "loc1942", "loc1943", "loc1944", "loc1945", "loc1946", "loc1947", "loc1948", "loc1949", "loc1950", "loc1951", "loc1952", "loc1953", "loc1954", "loc1955", "loc1956", "loc1957", "loc1958", "loc1959", "loc1960", "loc1961", "loc1962", "loc1963", "loc1964", "loc1965", "loc1966", "loc1967", "loc1968", "loc1969", "loc1970", "loc1971", "loc1972", "loc1973", "loc1974", "loc1975", "loc1976", "loc1977", "loc1978", "loc1979", "loc1980", "loc1981", "loc1982", "loc1983", "loc1984", "loc1985", "loc1986", "loc1987", "loc1988", "loc1989", "loc1990", "loc1991", "loc1992", "loc1993", "loc1994", "loc1995", "loc1996", "loc1997", "loc1998", "loc1999" ], "rows": 250, "table": true, "tojson": true }, { "name": "quant.out", "title": "Example fsthet output based on numerical simulations", "object": "quant.out", "file": "quant.out.rda", "class": [ "list" ], "fields": [], "table": false, "tojson": true } ], "_help": [ { "page": "allele.counts", "title": "This counts the number of alleles at a locus.", "topics": [ "allele.counts" ] }, { "page": "bins", "title": "Example heterozygosity bins from fsthet.", "topics": [ "bins" ] }, { "page": "calc.actual.fst", "title": "This calcualtes global Fsts from a genepop dataframe.", "topics": [ "calc.actual.fst" ] }, { "page": "calc.allele.freq", "title": "This calculates allele frequencies.", "topics": [ "calc.allele.freq" ] }, { "page": "calc.betahat", "title": "This calculates beta-hat, the Fst value used in Lositan.", "topics": [ "calc.betahat" ] }, { "page": "calc.exp.het", "title": "This calculates expected heterozygosities.", "topics": [ "calc.exp.het" ] }, { "page": "calc.fst", "title": "This calculates Fst.", "topics": [ "calc.fst" ] }, { "page": "calc.theta", "title": "This calculates theta.", "topics": [ "calc.theta" ] }, { "page": "ci.means", "title": "This calculates the average confidence intervals from multiple bootstrap outputs.", "topics": [ "ci.means" ] }, { "page": "cis", "title": "Example dataframe of smoothed quantiles from fsthet", "topics": [ "cis" ] }, { "page": "cis.list", "title": "Example list of CI matrices from bootstrap output from numerical simulations", "topics": [ "cis.list" ] }, { "page": "fhetboot", "title": "This is a wrapper to run the bootstrapping and plot the confidence intervals and significant loci.", "topics": [ "fhetboot" ] }, { "page": "find.outliers", "title": "This identifies all of the SNPs outside of the smoothed quantiles in the dataset.", "topics": [ "find.outliers" ] }, { "page": "find.quantiles", "title": "Generates quantiles from binned Fst values", "topics": [ "find.quantiles" ] }, { "page": "fst.boot", "title": "This is the major bootstrapping function to calculate confidence intervals.", "topics": [ "fst.boot" ] }, { "page": "fst.boot.means", "title": "Calculates mean values within the bins.", "topics": [ "fst.boot.means" ] }, { "page": "fst.boot.onecol", "title": "This bootstraps across all individuals to calculate a bootstrapped Fst for a randomly-sampled locus.", "topics": [ "fst.boot.onecol" ] }, { "page": "fst.options.print", "title": "This prints the options for choosing an Fst calculation.", "topics": [ "fst.options.print" ] }, { "page": "fsthet", "title": "This is a wrapper to generate and plot the smoothed quantiles and identify outliers.", "topics": [ "fsthet" ] }, { "page": "fsts", "title": "Example fst calculations from a genepop file.", "topics": [ "fsts" ] }, { "page": "fsts.beta", "title": "Example fst calculations from a genepop file.", "topics": [ "fsts.beta" ] }, { "page": "fsts.betahat", "title": "Example fst calculations from a genepop file.", "topics": [ "fsts.betahat" ] }, { "page": "fsts.theta", "title": "Example fst calculations from a genepop file.", "topics": [ "fsts.theta" ] }, { "page": "gpop", "title": "Example genepop file from numerical simulations", "topics": [ "gpop" ] }, { "page": "make.bins", "title": "This sorts Fst values into a designated number of overlapping heterozygosity bins.", "topics": [ "make.bins" ] }, { "page": "my.read.genepop", "title": "This reads a genepop file into R", "topics": [ "my.read.genepop" ] }, { "page": "p.boot", "title": "Calculates mean values within the bins.", "topics": [ "p.boot" ] }, { "page": "plotting.cis", "title": "This plots a dataframe of fsts with bootstrapped confidence intervals.", "topics": [ "plotting.cis" ] }, { "page": "quant.out", "title": "Example fsthet output based on numerical simulations", "topics": [ "quant.out" ] }, { "page": "remove.spaces", "title": "This removes spaces from a character vector", "topics": [ "remove.spaces" ] }, { "page": "var.fst", "title": "This calculates Cockerham & Weir's Beta.", "topics": [ "var.fst" ] } ], "_rundeps": [], "_vignettes": [ { "source": "fsthet-vignette.Rmd", "filename": "fsthet-vignette.html", "title": "Using fsthet", "author": "Sarah P. Flanagan", "engine": "knitr::rmarkdown", "headings": [ "Getting Started", "Read in your data", "Calculate actual values", "Understanding each step of the analysis", "Generating quantiles", "Using boot.out", "Directly binning and finding quantiles", "Plotting the results", "Identifying outliers", "Using the wrapper function fsthet", "Customizing the Figures", "The data you use", "The look of the graph", "Saving the graph to a file", "The various Fst calculations", "Wright's Fst (fst)", "Weir's $\\theta$ (theta)", "A variance-based Fst, $\\beta$ (var)", "Cockerham and Weir's $\\hat{\\beta}$ (betahat)", "Other Functions", "Saving the data and plotting it yourself.", "Look at the distribution of allele frequencies", "Conclusion" ], "created": "2017-11-02 10:49:34", "modified": "2017-11-02 10:49:34", "commits": 1 } ], "_score": 2.4771212547196626, "_indexed": true, "_nocasepkg": "fsthet", "_universes": [ "spflanagan" ], "_binaries": [ { "r": "4.7.0", "os": "linux", "version": "1.0.1", "date": "2026-05-18T06:06:21.000Z", "distro": "noble", "commit": "de47813bfe7b7f218e56fd7e8ff798f266414959", "fileid": "97e7f4f6b90420235346b9a9b1bbecd604736b3aad2b9d90f244b4632063a902", "status": "success", "check": "WARNING", "buildurl": "https://github.com/r-universe/spflanagan/actions/runs/26016347773" }, { "r": "4.6.0", "os": "linux", "version": "1.0.1", "date": "2026-05-18T06:06:16.000Z", "distro": "noble", "commit": "de47813bfe7b7f218e56fd7e8ff798f266414959", "fileid": "ade76b5fc5bede57d3508a1364b421eda8df3310340edb62fd4444c77497b4a3", "status": "success", "check": "WARNING", "buildurl": "https://github.com/r-universe/spflanagan/actions/runs/26016347773" }, { "r": "4.5.3", "os": "mac", "version": "1.0.1", "date": "2026-05-18T06:06:54.000Z", "commit": "de47813bfe7b7f218e56fd7e8ff798f266414959", "fileid": "6ab3175d107dabe98dca36bdfac1ca4d5c946d9bbba64118158ae93b83a0e3fe", "status": "success", "check": "WARNING", "buildurl": "https://github.com/r-universe/spflanagan/actions/runs/26016347773" }, { "r": "4.6.0", "os": "mac", "version": "1.0.1", "date": "2026-05-18T06:06:36.000Z", "commit": "de47813bfe7b7f218e56fd7e8ff798f266414959", "fileid": "21fb0c1611b7bdc232aff85b0ef1ee10b97db2ddc7c278c77601d78af2a7d2df", "status": "success", "check": "WARNING", "buildurl": "https://github.com/r-universe/spflanagan/actions/runs/26016347773" }, { "r": "4.7.0", "os": "win", "version": "1.0.1", "date": "2026-05-18T06:05:44.000Z", "commit": "de47813bfe7b7f218e56fd7e8ff798f266414959", "fileid": "21a0891288cf3c29f4a537ca40e5b5fee6186459bb9f8344f22a3a6ad5460c25", "status": "success", "check": "WARNING", "buildurl": "https://github.com/r-universe/spflanagan/actions/runs/26016347773" }, { "r": "4.5.3", "os": "win", "version": "1.0.1", "date": "2026-05-18T06:05:41.000Z", "commit": "de47813bfe7b7f218e56fd7e8ff798f266414959", "fileid": "01fcf1e873f99a9aec857daec54091aaa8a01555b713f9b401a4444379e06739", "status": "success", "check": "WARNING", "buildurl": "https://github.com/r-universe/spflanagan/actions/runs/26016347773" }, { "r": "4.6.0", "os": "win", "version": "1.0.1", "date": "2026-05-18T06:05:32.000Z", "commit": "de47813bfe7b7f218e56fd7e8ff798f266414959", "fileid": "6a5ce27f8a4e5351d404e6e438745a42fd0921c2cbd3a56b28c156755f44a5e8", "status": "success", "check": "WARNING", "buildurl": "https://github.com/r-universe/spflanagan/actions/runs/26016347773" }, { "r": "4.6.0", "os": "wasm", "version": "1.0.1", "date": "2026-06-02T16:48:47.000Z", "commit": "de47813bfe7b7f218e56fd7e8ff798f266414959", "fileid": "d71059b3f0e1b0d1e498992d82d500d5c8bd7bb8265940fb2d602e70fed974e5", "status": "success", "buildurl": "https://github.com/r-universe/spflanagan/actions/runs/26016347773" } ] }